En 1929-1930, Gilbert Gadoffre est « élève titulaire » à l’EPHE, où il suit les cours de Louis Alphen et travaille, sous sa direction à l’analyse de la Chronique de Joinville. Il suit également les cours de Louis André sur « La France, de l’édit de Nantes à la mort de Richelieu » et prend peut-être goût, dès ce moment-là, à l’histoire intellectuelle de l’époque moderne. En 1941, l’université de Manchester publia un premier essai de Gilbert Gadoffre sur le Discours de la Méthode, mais c’est en 1943 que la Revue d’Histoire de la Philosophie et d’Histoire Générale (Université de Lille) donnerait accès en langue française à son importante mise au point sur la « Chronologie du Discours de la Méthode ». Il y démontrait que fameux texte n’était point « une brillante et rapide improvisation de 1636 (…) sortie toute armée du cerveau d’un audacieux philosophe ». L’hypothèse proposée était que le Discours de la Méthode n’échappait pas à la norme des autres traités cartésiens : son élaboration avait été tout aussi complexe et chaotique que celle des Méditations métaphysiques, du Traité des Passions et des Principes. Le ton même du Discours marqué par un « mélange d’assurance folle et de finesse roublarde » demeurait, en somme, l’élément à la fois le plus original et le plus fascinant. Gilbert Gadoffre était particulièrement attaché à cette première réflexion, continuée en 1948 par un article dans la Revue de synthèse. En 1987, il publia un dernier texte sur cette thématique.